Fu destinata alla casa di Roma dove lavorò come una religiosa qualsiasi della Comunità: "La Madre sta come sempre - scrive Mª Pilar de Arratia -, alcuni giorni meglio, altri meno; appena si sente benino lavora nell'orto come un operaio, fino a che non ricade inferma. Sua continua preoccupazione sono le sue Figlie e che esse si facciano sante".

Durante la seconda guerra mondiale, libera dal governo della Congregazione e libera dalle accuse, fece risplendere il suo spirito di abnegazione nel diffondere la Misericordia di Dio. Avviò un laboratorio di taglio e cucito, portato avanti solo dalle sue suore, per poter rispondere con più generosità a chi si trovasse nel bisogno e per poter accogliere gratuitamente un maggior numero di bambini poveri. Erano anni di timore, di paure, di bombardamenti, di fame. Madre Speranza si prodigò in ogni modo: accolse rifugiati politici, nascose ed assistette nei sotterranei della casa soldati fuggiti dal fronte, si preoccupò di dar da mangiare a chi non aveva niente. Fidando della Provvidenza, aprì una mensa dove arrivò ad accogliere oltre mille persone al giorno. In questi anni sorsero, in Italia, nuove e numerose fondazioni. Nel 1950, le suore mostrarono la loro generosa disponibilità ed abnegazione per accogliere oltre cinquecento pellegrini al giorno, che venivano a Roma per l'Anno Santo; riflesso di quella disponibilità infinita con la quale Dio sempre ci accoglie.

In questo tempo, e precisamente nel Capitolo generale del 1952, rimossa definitivamente dalla Santa Sede la proibizione a Madre Speranza di avere il Governo della Congregazione (toltale nel Capitolo del 1946), fu riconfermata all'unanimità Madre generale delle Ancelle dell'A.M. e lo rimarrà fino al 1976, quando sarà nominata Madre generale ad honorem.